Tulpina Omicron, noua amenințare. Specialist: Este posibil ca persoanele trecute prin boală și vaccinate să fie mai bine protejate

Tulpina Omicron, denumită anterior B.1.1.529, este de 12 ori mai transmisibilă decât varianta originală Alfa și de 4 ori mai infecțioasă decât varianta Delta, arată datele disponibile la acest moment.

Cristian Apetrei, profesor de Microbiologie și Boli Infecțioase la Universitatea din Pittsburgh, spune că tulpina Omicron a apărut, cel mai probabil, pe parcursul lunii octombrie, în Republica Sud-Africană, ca urmare a infectării unui pacient sever imunodeprimat, care a produs răspunsuri imune suboptimale.

Noua tulpină mutantă a ajuns deja și în Europa, primul caz fiind descoperit întâmplător, într-un aeroport din Belgia – o femeie care călătorise recent în Egipt, prin Turcia, nevaccinată și care nu fusese infectată anterior.

În contextul numărului crescut de mutații suferite de noua variantă a coronavirusului, specialiștii se declară îngrijorați în ceea ce privește eficacitatea vaccinului, dar și rata crescută de transmisibilitate, care duce la o creștere fulminantă a numărului de noi cazuri de infecție într-un timp scurt.

Profesorul Cristian Apetrei a publicat recent, pe pagina sa de socializare, o analiză privind tulpina Omicron.

Tulpina Omicron – originea

Tulpina Omicron a apărut cândva prin octombrie în Republica Sud-Africană. Cel mai probabil, ca urmare a infectării unui pacient sever imunodeprimat (probabil HIV netratat-infecția cu HIV are o prevalență mai mare de 30% în populația Africii de Sud), care a produs răspunsuri imune suboptimale ce au obligat virusul să evolueze ca să le eludeze, dar pe de altă parte nu au fost capabile să-l elimine. Și în acest mod s-a produs o infecție persistentă SARS-CoV-2.

Am mai văzut cazuri din astea, unul dintre ele chiar la un pacient transplantat din Pittsburgh: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33507235/

A rezultat o variantă care are în total 50 de mutații, mai mult de 30 dintre acestea în structura proteinei Spike și 10 în RBD (receptor binding domain), structura care se leagă la receptori și față de care sunt dirijați anticorpii neutralizanți, inclusiv cei din vaccin.

Mutațiile îngrijorătoare

Mutații în structura proteinei Spike: A67V, Δ69-70, T95I, G142D/Δ143-145, Δ211/L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F.

Mutații altele decât în proteina Spike: NSP3 – K38R, V1069I, Δ1265/L1266I, A1892T; NSP4 – T492I; NSP5 – P132H; NSP6 – Δ105-107, A189V; NSP12 – P323L; NSP14 – I42V; E – T9I; M – D3G, Q19E, A63T; N – P13L, Δ31-33, R203K, G204R.

Cum citim mutațiile? Inițialele sunt aminoacizi:

• D614G. Înseamnă că, în poziția 614 a glicoproteinei, acidul aspartic (D) a fost înlocuit cu glicină (G). Aceasta este o mutație hipercunoscută, a survenit în tulpina Wuhan atunci când a intrat prima oară în Europa anul trecut și a contribuit decisiv la pandemizarea SARS-CoV-2.
• L452R. Substituirea, în poziția 452, a leucinei cu arginină: conferă o legare mai bună a proteinei Spike la receptor și reduce capacitatea de recunoaștere de către sistemul imun.
• P681R. Înlocuirea, în poziția 681, a prolinei cu arginină. Este considerată a crește infecțiozitatea la nivel celular a virusului prin clivarea precursorului S în configurația activă S1/S2.

Vești rele despre tulpina Omicron

• Varianta Omicron se răspândește cu rapiditate. Într-un grafic al răspândirii inițiale a variantelor virale, bate tot ce mișcă. Vedeți graficul.
• Sunt până în prezent identificate cazuri în Africa de Sud, Lesotho, Botswana, Zimbabwe, Mozambic, Namibia şi Eswatini, Hong Kong și Belgia. Poate or mai fi, dar n-am mai urmărit de vreo câteva ore.
• Mutațiile numeroase în RBD (și NTD) asociază rezistență la anticorpii neutralizanți (inclusiv anticorpii monoclonali utilizați în terapie).
• Clusterul de mutații din vecinătatea situsului de clivare al furinei (H655Y+N679K+P681H) crește eficiența intrării virusului în celulă și deci transmisibilitatea virusului.
• Deleția nsp106 (△105-107) care nu e nouă pentru Omicron, poate genera antagonizarea interferonilor, adică rezistența la imunitatea înnăscută, putând astfel mări transmisibilitatea.
• R203K+G204R sunt mutații care survin în afara domeniului Spike, în nucleocapsidă (erau în variantele Alfa, Gamma și Lambda) și sunt asociate cu infectivitate crescută.
• În Hong Kong, cei doi pacienți testați aveau încărcături virale extrem de ridicate (pozitivare la 17-18 cicluri de realtime), ceea ce sugerează o producție foarte mare de virus. Poate conduce atât la boală gravă, cât și la transmisibilitate crescută.
• Pacienții din Hong Kong erau în camere diferite, iar virusul a fost găsit răspândit larg în cele două camere. Ceea ce înseamnă că virusul este transmisibil prin aerosoli. Se transmite cu foarte mare ușurință (iar încărcăturile virale mari nu ne ajută deloc).

Vești bune despre tulpina Omicron

• Deleția △69-70 în gena S permite identificarea foarte ușoară a variantei Omicron, deci trasabilitatea ei imediată.
• Majoritatea regiunilor din genele N și RdRp, care sunt folosite pentru diagnostic prin testele de realtime PCR, sunt conservate. Ceea ce înseamnă că testele vor funcționa pentru monitorizarea pacienților infectați cu tulpina Omicron.
• La fel, regiunile din structura nucleocapsidei recunoscute de testele rapide antigen nu sunt substanțial modificate și vor putea fi recunoscute. Deci testele funcționează încă.
• Unul din experții în biologie structurală a coronavirusurilor a sugerat că mutațiile combinate P681H și N679K sunt extrem de rare tocmai pentru că nu sunt stabile. A menționat însă că nu se știe cum sunt afectate aceste mutații de restul mutațiilor din structura omicron.

Ce nu știm despre tulpina Omicron

• În ce măsură virusul are capacitate de a se răspândi masiv în lume înlocuind varianta Delta?
• Care este transmisibilitatea acestui virus? Este rata de reproducere a virusului (R0) mai mare, fiind continuată seria de creșteri cu fiecare nouă variantă?
• În ce măsură infecția cu tulpina Omicron are patogenicitate mai mare, adică letalitate și sechele mai mari? Se știe deja că unii pacienți pot rămâne în continuare asimptomatici.

Ce știm despre tulpina Omicron

• Trebuie să ne protejăm. Purtați masca ori de câte ori sunteți în spații închise împreună cu alte persoane.
• Nu ieșiți din casă dacă aveți febră.
• Nu vă lăsați colegii/angajații/elevii/studenții să vină la serviciu/școală dacă au febră.

Protecția față de tulpina Omicron, posibil mai mare la persoanele imunizate natural și vaccinate

Imunizarea hibridă, adică trecerea prin boala COVID-19 și vaccinarea împotriva noului coronavirus, ar putea însemna protecție mai crescută în fața variantei Omicron.

Principiul este următorul: toate elementele de suprafață sunt recunoscute de răspunsurile imune și, deci, supuse presiunilor imune. Din acest motiv, ratele mutațiilor pentru proteinele/glicoproteinele de înveliș sunt mari.

Aici intră proteina Spike care, fiind expusă la suprafață și nu extrem de glicozilată, este țintă predilectă pentru răspunsul imun și modelată în vaccin.

Pe de altă parte, elementele structurale de profunzime sunt mult mai bine conservate. Intră aici proteinele capsidale, cum ar fi nucleoproteinele care, pe de o parte, sunt bine conservate și specifice, motiv pentru care le folosim la diagnostic.

Cele mai conservate proteine structurale sunt în general enzimele. Acestea sunt direct implicate în replicare, esențiale pentru aceste procese, iar din acest motiv trebuie conservate cât se poate de bine. În general, sunt localizate în interiorul capsidei (deci protejate de două straturi).

Tot ce este conservat poate fi, la un moment sau altul, recunoscut de sistemul imun. Anticorpii față de aceste structuri există, pot conferi o oarecare imunitate și sunt induși prin boală, nu prin vaccin.

Problema este următoarea: când cineva vine în contact cu virusul (rotund și țepos), capsida este protejată de membrană, iar enzimele – de membrană și capsidă -, astfel încât nici anticorpii, nici CTL-urile (Cytotoxic T Lymphocytes – limfocite T citotoxice) nu le văd. Eventual, pe măsură ce virusul se replică, aceste elemente pot fi recunoscute.

Probabil că cei cu imunitate naturală pot fi mai bine protejați față de un virus complet mutant. Dar până în momentul de față încă nu știm cât de mult suntem protejați față de tulpina Omicron sau cât de eficace este această variantă mutantă în eludarea răspunsurilor imune.